Sesuai dengan KMA 373 tahun 2002 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Provinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota (disempurnahkan), Kantor Kementerian Agama Kabuaten Alor termasuk dalam typologi I G, yang terdiri dari Sub Bagian Tata Usaha, Seksi Bimas Islam, Seksi Pendidikan Islam, Seksi Urusan Agama Kristen, Seksi Pendidikan Agama Kristen, Seksi Bimas Katolik, Penyelenggara Haji dan Umrah, serta jabatan fungsional.
Bagan Struktur Organisasi Kemenag Kab.Alor 2011
(Sesuai KMA 373/2002 (disempurnahkan)
Typologi I G :
